技術簡介
細菌小RNA(sRNA)是一類長度在50-300 nt的調控RNA, 與細菌生長，代謝，應激反應，致病性等密切相關。細菌sRNA多通過與靶mRNA配對, 在轉錄后水平影響目的mRNA翻譯或穩定性,對基因的表達進行調節, 進而影響細胞的多種生理功能。云序生物為客戶提供一站式的細菌小RNA測序服務，能夠幫助客戶識別新的細菌小RNA，解析細菌小RNA表達譜，預測細菌小RNA的靶基因，從而促進其功能和機制研究。
云序優勢
適用的細菌種類全 面：
rRNA約占細菌RNA總量的95%以上，為了有效的檢測調控RNA分子，需要通過預處理去除掉rRNA。云序生物擁有市面上極全的去rRNA試劑盒，能夠去除各類細菌樣品中的rRNA，檢測小RNA分子。
特異性富集小RNA：
特異性的富集50-300 nt的小RNA片段，sRNA有效數據比例高。
鏈特異性檢測：
很多基因位點會生成轉錄方向相反的、具有重要調控功能的sRNA，常規的建庫方法無法區分這些反義RNA，而云序生物采用鏈特異性的建庫方法，可以檢測反義sRNA。
一站式服務：
客戶只需提供細菌或總RNA，云序生物為您完成從樣品準備，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務流程。
專業化的生物信息分析：
云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
樣本要求
樣品類型：
菌體或總RNA。其它類型樣品請詳詢。
樣品量：
a）菌體數量：2×10⁷
b）總RNA：2 μg （OD260/280：1.6-2.3；濃度≥500ng/μl；RNA無明顯降解28S：18S≥1.5或者RIN≥7）
樣品運輸及保存：
樣品運輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運輸。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；血液樣品應使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。
數據分析
1、細菌sRNA的識別與注釋

通過細菌sRNA高通量測序，采用嚴謹的生物信息分析學流程識別鑒定細菌sRNA，并根據數據庫中來源進行注釋。

2、差異細菌sRNA的篩選
篩選（Fold Change≥2， P值≤ 0.05）兩組或多組樣品間的差異表達sRNA。
注：Fold Change代 表差異程度，P值代 表差異的明顯性，篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

sRNA測序讀數可以映射到參考基因組，任何感興趣的基因可以在IGV（Integrative Genomics Viewer）。

案例分析
案例1. 鑒定新的sRNA
原文：Deep sequencing-based identification of small regulatory RNAs in Synechocystis sp. PCC 6803

期刊：PLoS One
本文通過細菌小RNA測序在細菌Synechocystis sp. PCC 6803中鑒定出5211個小RNA，并利用sRNA-PCR驗證了其中的27個。通過進一步的sRNA靶基因預測發現：這些sRNA普遍參與糖酵解、三羧酸循環、脂肪酸代謝等基礎代謝通路，表明sRNA調控網絡在細菌代謝過程中發揮著重要的作用。

圖1. sRNA的靶基因GO分析

案例2. sRNA功能研究
原文：Differential RNA-seq of Vibrio cholerae identifies the VqmR small RNA as a regulator of biofilm formation

期刊：Proc Natl Acad Sci USA 影響因子：11.56
本文通過sRNA測序檢測了野生型霍亂弧菌和群體感應缺 陷霍亂弧菌中的sRNA表達譜，發現了107個非編碼小RNA。其中，一個被稱為VqmR的sRNA位于蛋白質編碼基因vqmA上游。vqmA基因編碼轉錄因子，激 活VqmR表達。進一步的細菌sRNA靶基因預測發現VqmR至少靶向8個靶基因。其中，靶基因vpsT調控菌膜形成。后續實驗證實：sRNA VqmR通過抑 制靶基因vpsT表達阻礙細菌菌膜形成。

圖2. VqmR和靶基因vpsT的結合情況