技術簡介
piRNA是一類新型的非編碼小RNA，長度約為30nt，通過與Piwi蛋白相互作用發揮調控功能。它們主要存在于動物生殖細胞和干細胞中，與生殖細胞的生長發育密切相關。研究表明：piRNA也存在于中樞 神經細胞中，可以幫助記憶形成。piRNA的研究尚處于起步階段，其組織特異性的分布以及更多的生物學功能尚待進一步闡述。云序生物的piRNA測序服務通過數據庫信息全 面分析樣品中的全部piRNA，為piRNA的篩選和研究提供了強有力的工具。
云序優勢
一站式服務：
客戶只需提供細胞，組織，體液或總RNA，云序生物為您完成從樣品準備，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務流程。
特異性富集piRNA片段：
特異性的富集和檢測piRNA， piRNA有效數據比例高于其它公司提供的常規小RNA測序服務。 
專業化的生物信息分析：
云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
樣品要求
樣品類型：
組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。

樣品量：

a) 細胞：2×10⁶

b) 組織：50 mg

c) 體液：全血、血清、血漿2-3 ml

腦脊液：5 ml

尿液：50 ml

d) 總RNA：2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 無明顯降解，電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰，無明顯彌散或拖尾)

樣品運輸及保存：  

樣品運輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運輸。 

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；血液樣品應使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復凍融。
數據分析（下列有※表示個性化分析）
1、新piRNA預測※
合并來自全部樣品的trimmed reads，并使用piano軟件進行新piRNA預測，獲得可能的新piRNA。

注：Novel piRNA-新預測的piRNA的名字；Novel piRNA-seq-新預測的piRNA的序列

2、差異piRNA篩選與聚類

篩選（Fold Change≥2， P值≤ 0.05）兩組或多組樣品間的差異表達piRNA。
注：Fold Change代 表差異程度，P值代 表差異的明顯性，篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

3、piRNA-靶基因網絡圖

piRNA能夠通過堿基互補配對，靶向mRNA，并調控mRNA表達。云序生物使用miranda軟件預測piRNA的靶基因，并根據得到的piRNA靶基因，構建piRNA-靶基因網絡，來探討piRNA的功能作用。

4、piRNA靶基因GO和信號通路分析
對piRNA的靶基因進行GO和信號通路分析，從而幫助推斷piRNA的生物學功能。

案例解析

案例1：piRNA在肝ai中的功能

原文：Deep sequencing of small RNA transcriptome reveals novel non-coding RNAs in hepatocellular carcinoma 

期刊：Journal of Hepatology 影響因子：14.91 

本文通過高通量測序檢測了2株肝細胞ai細胞系（HKCI-4，HKCI-8）和1株正常肝細胞系（MIHA）中的小RNA表達情況，發現了一個新的piRNA（piR-Hep1）在肝ai細胞系中高表達。通過進一步的小RNAqPCR發現：46.6% 的肝細胞ai組織中的piR-Hep1相對于ai旁組織高表達。后續的功能實驗證實：沉默piR-Hep1的表達會抑 制肝ai細胞的存活，移動和浸潤。

圖 1. 肝ai細胞系中的小RNA組成 

期刊：BMC Genomics 影響因子：3.73 

本文通過piRNA測序調查了3個成人睪丸樣品的piRNA表達譜，并發現：近17M可能的piRNA來源于約6000個基因簇。當一部分piRNA來源于蛋白編碼基因的3’ UTR區，而且這些蛋白編碼基因在特定的生物過程中富集，說明piRNA的生成并非隨機。此外，有16%的piRNA來源于數百個長鏈非編碼（LncRNA）基因，說明lncRNA基因也可以作為piRNA前體。另外，在基因組可移動元件中，piRNA與LTR和內源性逆轉錄病毒的聯系更為緊密。

圖2.  LncRNA LINC00837可作為piRNA前體